dudas en los ejercicios

Buenas<img>
Hace como 2 años tube una lesion de ligamentos cruzados en la rodilla haciendo escalada.Antes de la lesion tambien hacia futbol como aficionado,artes marciales durante 12años y llebaba haciendo pesas unos 2 años aproximadamente.Vamos que no paraba y esta en una forma realmente buena.
Mi problema es que la lesion me ha tenido parado 1 año y medio por operaciones y demas,mas otro medio año que me mal acostumbre y estoy unos 8 o 10 kg por encima de mi peso.La dieta he vuelto a empezar con la correcta en cuanto a calorias y nº de comidas.
Hace un mes que he vuelto al gimnasio y mi rutina hago todos los dias unos 20 min de estatica para calentar,mis sesiones de pesas luego durante 30 o 40 min y al final ejercicio aerobico para la quema de grasa y calorias.No se si hago bien en dejar los aerobicos para el final.
La parte que mas musculada he tenido siempre son las piernas y con el paso de estos 2 años son las que mas grasa me han ganado.El ejercicio que me han puesto en el gim es el spinning por que el aerobic me castiga bastante las rodillas.y ahora tengo miedo por que he leido que el spinnig si que ayuda a bajar peso,pero tambien a ganar masa muscular en las piernas y es lo que mas tengo que controlar por es la parte que menos me cuesta fortalecer.
Muchas gracias y un saludo